На физическом сервере нужно через KVM или подобный эмулятор установить 2 ОС:
1. ArchLinux в качестве web сервера для большого количества сайтов (без всяких Cpanel и графических интерфейсов) - LEMP (Nginx, PHP-fpm, MariaDB/MySQL и phpMyAdmin), с отдельными конфиг файлами для каждого сайта, настроенным iptables для защиты от DDOS, брутофорса, http флуда и прочих атак, и антивирусом (по поводу антивируса надо уточнить что и как).
2. Debian - установить и настроить для работы этот софт
https://doc.siberiancms.com/knowledge-base/siberian-server-requirements/
Обе OС должны работать параллельно.
Так же в идеале настроить еще один vpn в качестве прокси, через который будет ходить основной сервер